Harmonogram akademického roku stanovuje především termíny zahájení jednotlivých semestrů, období prázdnin a termín konce akademického roku. Dále reguluje období, v němž by měly probíhat zápisy do předmětů. Přesný počet týdnů výuky v LS stanoví fakultní harmonogramy.
Harmonogram AMU upravuje pouze termíny pro studenty bakalářských a magisterských studijních programů, termíny vztahující se k doktorským studijním programům jsou stanoveny harmonogramem fakulty a individuálními studijními plány.